haddock3在服务器上的安装
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简介
一、构建虚拟环境
二、获取haddock3
1.直接下载haddock3
2.源代码的形式下载
3.开发版本的下载
总结
简介
高模糊度驱动对接（HADDOCK），是一款历史悠久对接软件，它利用 CNS（晶体学和核磁共振系统 - https://cns-online.org）进行分子复合物的结构计算。HADDOCK 与其他对接软件的区别在于使用CNS，可以将实验数据作为约束条件纳入，并使用这些数据在传统能量和形状互补的基础上指导对接过程。此外，与 CNS 的紧密耦合使 HADDOCK 能够真正产生足够高质量的模型，这些模型可以存档在PDB中。
HADDOCK 的核心方面是定义模糊相互作用约束或 AIRs。这些允许将原始数据，如 NMR 化学位移扰动或突变实验，转换为距离约束，这些约束被纳入计算中使用的能量函数。通过一个列表定义 AIRs，该列表分为两个类别：主动和被动。通常，主动残基是那些对相互作用至关重要的残基，例如敲除这些残基会消除相互作用或化学位移扰动较高的残基。在整个模拟过程中，如果可能的话，这些主动残基被约束为界面的一部分，否则会遭受评分惩罚。被动残基是那些对相互作用有贡献但被认为不太重要的残基。如果这样的残基不属于界面，则不会遭受评分惩罚。因此，仔细选择哪些残基是主动的以及哪些是被动的对于对接的成功至关重要。
本文主要介绍如何在服务器上安装haddock3。
一、构建虚拟环境
Haddock3 使用系统变量以及外部库。为确保 Haddock3 的功能版本可重复且稳定，开发者强烈建议使用虚拟环境进行安装。在虚拟环境中使用时，常见的安装工具如 pip 将 Python 包安装到虚拟环境中，从而限制与计算引擎上已安装的其他工具的冲突。
两个有效的、能够安装 HADDOCK3 的主要环境管理系统 venv 以及 conda/mini-conda。由于服务器通常使用linux系统，这里推荐并介绍使用venv构建虚拟环境。
由于 venv 库是 python3 标准库的一部分，因此无需安装，只要服务器上安装了 python3。使用 venv，就能够设置所需的 python3 版本（haddock3的使用需要 >=3.9 ）。
然后，使用以下命令创建一个新的虚拟环境：
python3.9 -m venv .haddock3-env
# or
python3.10 -m venv .haddock3-env
# or
python3.11 -m venv .haddock3-env
# or
python3.12 -m venv .haddock3-env最后，激活该环境，就可以安装haddock3了。
source .haddock3-env/bin/activate
二、获取haddock3
1.直接下载haddock3
目前，开发者通过将其添加到 Python 包索引中简化了 Haddock3 的安装。
因此，只需运行以下命令：
# Activate your haddock3 virtual env
# ...
# run pip install haddock3
pip install haddock3如果下载时遇到网络延迟，可升级pip：
pip install --upgrade pip如果还是不能解决网络连接问题，可挂镜像：
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple haddock3亲测好用！！！！给出以下成功下载的示例。
(.haddock3-env) xxxxxx:~/.pyenv$ pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple haddock3
Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
Collecting haddock3
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/30/41/c255dcf4ef509d97b5aeaab931573c3688e05efc1d69e405905767f70c45/haddock3-2024.10.0b7.tar.gz (2.3 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 2.3/2.3 MB 10.8 MB/s eta 0:00:00
Installing build dependencies ... done
Getting requirements to build wheel ... done
Preparing metadata (pyproject.toml) ... done
Collecting pdb-tools>=2.5.0 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/35/dd/0d7c0571e001de10c009a0e902c1bca6c9b3c1d1cb0f4372cfdb3b1f3e32/pdb_tools-2.5.0-py3-none-any.whl (207 kB)
Collecting biopython==1.* (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/80/5a/6ba0066b7f38b9e7a085f2fc4c171a25ebfa64202aab0965961621f561e1/biopython-1.85-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (3.2 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.2/3.2 MB 17.7 MB/s eta 0:00:00
Collecting jsonpickle>=2.1.0 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/dc/1b/0e79cf115e0f54f1e8f56effb6ffd2ef8f92e9c324d692ede660067f1bfe/jsonpickle-4.0.5-py3-none-any.whl (46 kB)
Collecting numpy==2.* (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/b9/14/78635daab4b07c0930c919d451b8bf8c164774e6a3413aed04a6d95758ce/numpy-2.0.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (19.5 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 19.5/19.5 MB 17.8 MB/s eta 0:00:00
Collecting pyyaml>=6.0 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/3d/32/e7bd8535d22ea2874cef6a81021ba019474ace0d13a4819c2a4bce79bd6a/PyYAML-6.0.2-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (737 kB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 737.4/737.4 kB 8.3 MB/s eta 0:00:00
Collecting scipy>=1.10.0 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/35/f5/d0ad1a96f80962ba65e2ce1de6a1e59edecd1f0a7b55990ed208848012e0/scipy-1.13.1-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (38.6 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 38.6/38.6 MB 14.5 MB/s eta 0:00:00
Collecting toml>=0.10.2 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/44/6f/7120676b6d73228c96e17f1f794d8ab046fc910d781c8d151120c3f1569e/toml-0.10.2-py2.py3-none-any.whl (16 kB)
Collecting pandas==2.* (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/3d/dd/bed19c2974296661493d7acc4407b1d2db4e2a482197df100f8f965b6225/pandas-2.2.3-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (13.1 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 13.1/13.1 MB 8.1 MB/s eta 0:00:00
Collecting plotly==5.24.1 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/e5/ae/580600f441f6fc05218bd6c9d5794f4aef072a7d9093b291f1c50a9db8bc/plotly-5.24.1-py3-none-any.whl (19.1 MB)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 19.1/19.1 MB 8.5 MB/s eta 0:00:00
Collecting freesasa>=2.2.1 (from haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/52/fc/1b28f7973952934737387172ef0a40c0ea7cb9a6132264c3e731760f8efa/freesasa-2.2.1.tar.gz (270 kB)
Installing build dependencies ... done
Getting requirements to build wheel ... done
Installing backend dependencies ... done
Preparing metadata (pyproject.toml) ... done
Collecting tenacity>=6.2.0 (from plotly==5.24.1->haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/e5/30/643397144bfbfec6f6ef821f36f33e57d35946c44a2352d3c9f0ae847619/tenacity-9.1.2-py3-none-any.whl (28 kB)
Collecting packaging (from plotly==5.24.1->haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/20/12/38679034af332785aac8774540895e234f4d07f7545804097de4b666afd8/packaging-25.0-py3-none-any.whl (66 kB)
Collecting python-dateutil>=2.8.2 (from pandas==2.*->haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/ec/57/56b9bcc3c9c6a792fcbaf139543cee77261f3651ca9da0c93f5c1221264b/python_dateutil-2.9.0.post0-py2.py3-none-any.whl (229 kB)
Collecting pytz>=2020.1 (from pandas==2.*->haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/81/c4/34e93fe5f5429d7570ec1fa436f1986fb1f00c3e0f43a589fe2bbcd22c3f/pytz-2025.2-py2.py3-none-any.whl (509 kB)
Collecting tzdata>=2022.7 (from pandas==2.*->haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/5c/23/c7abc0ca0a1526a0774eca151daeb8de62ec457e77262b66b359c3c7679e/tzdata-2025.2-py2.py3-none-any.whl (347 kB)
Collecting six>=1.5 (from python-dateutil>=2.8.2->pandas==2.*->haddock3)
Downloading https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/b7/ce/149a00dd41f10bc29e5921b496af8b574d8413afcd5e30dfa0ed46c2cc5e/six-1.17.0-py2.py3-none-any.whl (11 kB)
Building wheels for collected packages: haddock3, freesasa
Building wheel for haddock3 (pyproject.toml) ... done
Created wheel for haddock3: filename=haddock3-2024.10.0b7-cp39-cp39-linux_x86_64.whl size=4049563 sha256=e8ffc3555471e89f8765410c2d1db5911d0033c2cc5360004d5115e3e89fe2e5
Stored in directory: /home/hr/.cache/pip/wheels/90/e9/33/bc3cca4eceeacd050cbc5dd75b1f053e3a912b96df6d517db8
Building wheel for freesasa (pyproject.toml) ... done
Created wheel for freesasa: filename=freesasa-2.2.1-cp39-cp39-linux_x86_64.whl size=968631 sha256=7b81409dbd9541a6dc0509f72fe244f641a16a34e8d4f6e8cf9445ea78d72aec
Stored in directory: /home/hr/.cache/pip/wheels/31/63/c3/bc9e7fafd8ac9fea87912efc3b07b1cbe448e6c8f056fbca0a
Successfully built haddock3 freesasa
Installing collected packages: pytz, pdb-tools, freesasa, tzdata, toml, tenacity, six, pyyaml, packaging, numpy, jsonpickle, scipy, python-dateutil, plotly, biopython, pandas, haddock3
Successfully installed biopython-1.85 freesasa-2.2.1 haddock3-2024.10.0b7 jsonpickle-4.0.5 numpy-2.0.2 packaging-25.0 pandas-2.2.3 pdb-tools-2.5.0 plotly-5.24.1 python-dateutil-2.9.0.post0 pytz-2025.2 pyyaml-6.0.2 scipy-1.13.1 six-1.17.0 tenacity-9.1.2 toml-0.10.2 tzdata-2025.22.源代码的形式下载
Haddock3 是一个开源软件，因此其源代码可以随时下载。开发者将代码托管在专门的 GitHub 仓库上，这有助于更好的版本控制、代码开发和可维护性。
要从源代码安装 haddock3，建议运行以下命令：
# First, download the source code:
git clone https://github.com/haddocking/haddock3.git
cd haddock3
# Setup the virtural environnement:
python3.9 -m venv .haddock3-env
source .haddock3-env/bin/activate
# Install haddock3
pip install .
# DISCLAMER
# By running this command, you will download a compiled executable
# of CNS (Crystallographic and NMR System) which is free of use
# for non-profit applications.
# For commercial use it is your own responsibility to have a proper license.
# For details refer to the DISCLAIMER file in the HADDOCK3 repository.
# here -> https://github.com/haddocking/haddock3/blob/main/DISCLAIMER.md3.开发版本的下载
要安装 haddock3 的开发版本，应该在 pip install 命令中添加额外的参数，以便下载其他库：
# First, download the source code:
git clone https://github.com/haddocking/haddock3.git
cd haddock3
# Setup the virtural environnement:
python3.9 -m venv .haddock3-env
source .haddock3-env/bin/activate
# Install haddock3
pip install -e '.[dev,docs]'总结
以上是在服务器上下载haddock3的主要内容，希望对想要使用haddock3进行分子对接的各位有所帮助。
haddock3的github链接：GitHub - haddocking/haddock3: Official repo of the modular BioExcel version of HADDOCK
https://github.com/haddocking/haddock3
参考网页：获取 HADDOCK - HADDOCK3 用户手册 --- Obtaining HADDOCK - HADDOCK3 User Manualhttps://www.bonvinlab.org/haddock3-user-manual/download-haddock3.html#development-version
